21世(shì )纪初，人类(lèi )将(🙉)多数人留在被哥(gē )斯(sī )拉(lā )蹂(👃)躏的地球上(🕙)，仅使(shǐ )被选(⛳)中(🏯)的人们(🥕)乘上(shàng )恒星(🚴)间移(yí )(🤖)民船(chuán )·阿(ā )(👣)拉特拉(🈁)姆，前往能够(gòu )移(yí )居的“约(yuē )(🚗)定之地·τ星(xīng )e”。但这一计划(huá )失(🌪)败(💅)，人(rén )类只得(🐩)再度返回地球(💿)。而长距离亚(🔍)空间(jiān )航(⏲)行所(🔤)引(👌)发的(📸)时空歪曲，导致人类回(huí )到的(de )(🚲)地(dì )方变成(🔙)了“两(🐖)万年(nián )后的地球”。在这个地球，主人公·晴(🎦)男(nán )等(děng )人在遭受哥斯拉袭击(💅)的同时，与埃(āi )(💑)克(kè )西弗(fú )、比尔沙(🏸)尔德(dé )两种(zhǒng )族的(de )异星人(rén )共同实(shí )行谋(💕)划了20年的“对哥斯(sī )拉(🏡)战术”，通过殊死战斗成(📯)功击倒了哥斯拉。
　　但喜(xǐ )悦并未持续(xù )多久，深藏(cáng )地(🀄)下(xià )的真正哥(gē )斯拉“哥(gē )斯(🍑)拉·地球”现身(shēn )了。两万年间持续成长(zhǎng )生存(cún )、身高300米(mǐ )(🕝)、质量超过10万(wàn )(🍄)吨，在进化成这种姿(zī )态的超巨大哥斯拉压倒(dǎo )(😀)性的(🐖)破坏力面前，晴男等(děng )人落花流水。
　(🐼)　拯救了(🏻)晴男的(💺)是被(🚱)视为人类的(de )残(cán )(🔛)存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗(📼)图亚是(shì )(🛹)他们在(zài )这个地球首次遇到的人(🎓)型(🐷)生(👰)命种族。他们(➖)会是人(👓)类(lèi )的子(👷)孙吗—(👯)—。“弗图亚的(de )神也被(🕙)哥斯(📛)拉击破，如今(✨)只(zhī )剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而(ér )消失了(🔥)”面对(🏾)这(✏)样的他们，晴男回(📲)应(yīng )道“这(zhè )是以(🍯)人类(🌳)的双(🤯)手夺回地球的最后机(jī )会了”。
　　另(lìng )一方面(🔔)，比尔沙尔德(🆖)的指(🐃)挥官(guān )·加尔格，注意到弗图亚使用的(de )箭(jiàn )(🌯)头是由“自律思考金(jīn )属(shǔ )体(🦗)·纳(nà )米金属”所制(✒)造而(ér )欢(huān )喜。这和21世(🦒)纪他们(🚖)在富士山麓作(🍆)为“对哥斯拉决战(🐞)兵器”所开发、在(zài )启动(😜)前遭(zāo )到破(pò )坏的“机械哥斯(🏴)拉”由(yóu )同种物质所(🌿)构成(🐣)。这(👈)正是(🍑)当时的开发设备至今仍(réng )然残(🐢)存的证明——。